รัฐบาลมีนโยบายการพัฒนาต่อยอดเขตเศรษฐกิจพิเศษให้มีประสิทธิภาพมากขึ้น เพื่อให้เกิดการกระจายความเจริญและกิจกรรมทางเศรษฐกิจไปสู่ภูมิภาค พล.ต.อ. พัชรวาท วงษ์สุวรรณ รองนายกรัฐมนตรี และรัฐมนตรีว่าการกระทรวงทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อม มอบหมายให้กรมทรัพยากรน้ำบาดาลเร่งดำเนินการจัดหาแหล่งน้ำบาดาลเพื่อเป็นแหล่งน้ำต้นทุนโดยเฉพาะเขตเศรษฐกิจพิเศษชายแดนหาน้ำยากและประสบปัญหาขาดแคลนน้ำสะอาด เพื่อให้ประชาชนเข้าถึงแหล่งน้ำสะอาดสำหรับการอุปโภคบริโภค น้ำเพื่อการเกษตร และน้ำเพื่อสนับสนุนภาคอุตสาหกรรม
กรมทรัพยากรน้ำบาดาล โดยสำนักสำรวจและประเมินศักยภาพน้ำบาดาล ร่วมกับสำนักทรัพยากรน้ำบาดาล เขต 10 (อุดรธานี) ได้ดำเนินโครงการศึกษาสำรวจและพัฒนาแหล่งน้ำบาดาลต้นทุนในพื้นที่เขตพัฒนาเศรษฐกิจพิเศษชายแดนพื้นที่ภาคตะวันออกเฉียงเหนือ จังหวัดมุกดาหาร ซึ่งได้รับงบประมาณสนับสนุนจากกองทุนพัฒนาน้ำบาดาล เพื่อศึกษาอุทกธรณีวิทยา ธรณีฟิสิกส์ และอุทกธรณีเคมี ปรับปรุงแผนที่น้ำบาดาลขั้นรายละเอียด ประเมินศักยภาพน้ำบาดาลทั้งปริมาณและคุณภาพ พร้อมทั้งเสนอรูปแบบการบริหารจัดการน้ำบาดาลและแนวทางในการปฏิบัติให้แก่ประชาชนและองค์กรปกครองส่วนท้องถิ่นในพื้นที่เขตพัฒนาเศรษฐกิจพิเศษชายแดน จังหวัดมุกดาหาร
ปัจจุบันผลการดำเนินงานโครงการฯ อยู่ระหว่างการเจาะสำรวจแหล่งน้ำบาดาลต้นทุน ในพื้นที่เขตเศรษฐกิจพิเศษ จำนวน 23 ตำบล ความลึกเจาะรวม 3,162 เมตร (คิดเป็นร้อยละ 95 จากแผนการเจาะ 3,300 เมตร) พบพื้นที่มีศักยภาพน้ำบาดาลสูง คุณภาพน้ำบาดาลดี ปริมาณน้ำระหว่าง 10-30 ลูกบาศก์เมตรต่อชั่วโมง ได้แก่ ตำบลบางทรายใหญ่ คำอาฮวน เหล่าหมี ชะโนดน้อย หนองแวง บ้านแก้ง และตำบลโพธิ์ไทร ปริมาณน้ำ 5-10 ลูกบาศก์เมตรต่อชั่วโมง ได้แก่ ตำบลคำป่าหลาย ดงเย็น และตำบลหนองแวง
นอกจากนี้ยังพบว่า หากเจาะบ่อน้ำบาดาลความลึกมากกว่า 70 เมตร บริเวณริมแม่น้ำโขง มีความเสี่ยงที่จะได้น้ำบาดาลเค็มจากอิทธิพลของชั้นเกลือหินในหมวดหินมหาสารคามทางฝั่งสาธารณรัฐประชาธิปไตยประชาชนลาว
จากผลการศึกษาสำรวจดังกล่าว กรมทรัพยากรน้ำบาดาลได้ประสานกับองค์การปกครองส่วนท้องถิ่นให้สามารถใช้น้ำบาดาลจากบ่อเจาะสำรวจ เพื่อบรรเทาปัญหาการขาดแคลนน้ำอุปโภคบริโภคในพื้นที่ได้ พร้อมทั้งประชาสัมพันธ์และชี้แจงขั้นตอนการของบประมาณเพื่อต่อยอดโครงการสำหรับเป็นแหล่งน้ำชุมชนเพื่อความมั่นคงต่อไป สำหรับข้อมูลที่ได้จากการศึกษาทั้งหมดจะดำเนินการปรับปรุงแผนที่น้ำบาดาล และประเมินปริมาณน้ำบาดาล เพื่อเป็นฐานข้อมูลให้แก่องค์กรปกครองส่วนท้องถิ่นใช้ในการตัดสินใจพัฒนาโครงการด้านน้ำบาดาลในพื้นที่ต่อไปในอนาคต