ตามที่สื่อมวลชนได้นำเสนอข่าวกรณีกรมราชทัณฑ์ออกระเบียบกรมราชทัณฑ์ว่าด้วยการดำเนินการสำหรับการคุมขังในสถานที่คุมขัง พ.ศ. 2566 ซึ่งประกาศ ณ วันที่ 6 ธันวาคม 2566 เป็นเหตุให้สังคมตั้งคำถามและเกิดความกังวลว่าจะเป็นการเอื้อประโยชน์ต่อบุคคลใดบุคคลหนึ่งหรือไม่ ซึ่งต่อมาเมื่อวันที่ 12 ธันวาคม 2566 กรมราชทัณฑ์ได้ชี้แจงว่า ระเบียบดังกล่าวออกโดยอาศัยอำนาจตามมาตรา 7 และมาตรา 33 แห่งพระราชบัญญัติราชทัณฑ์ พ.ศ. 2560 และกฎกระทรวงกำหนดสถานที่คุมขัง พ.ศ. 2563 รวมถึงข้อเสนอแนะของคณะกรรมการสิทธิมนุษยชนแห่งชาติ (กสม.) กรณีปัญหาในการดำเนินงานด้านกระบวนการยุติธรรมที่พบจากการดำเนินโครงการตรวจเยี่ยมสถานที่เสี่ยงต่อการละเมิดสิทธิมนุษยชนเพื่อแก้ไขปัญหาความแออัดของเรือนจำ นั้น
กสม. ขอเรียนว่า ข้อเสนอแนะที่ 1/2562 เมื่อวันที่ 22 พฤษภาคม 2562 กสม. เสนอให้คณะรัฐมนตรีและหน่วยงานที่เกี่ยวข้องแก้ไขปัญหาความแออัดของเรือนจำ ซึ่งไม่เป็นไปตามมาตรฐานสากลขององค์การสหประชาชาติ โดยการ (1) ใช้นโยบายกระบวนการยุติธรรมทางเลือก เช่น การเบี่ยงเบนคดีอาญาออกจากกระบวนการยุติธรรมกระแสหลัก (Diversion from Criminal Justice Process) (2) การแยกสถานที่คุมขังระหว่างผู้ต้องขังเด็ดขาดกับผู้ต้องขังระหว่างพิจารณา และ (3) กำหนดสถานที่ควบคุมผู้ต้องขังระหว่างพิจารณาคดีและผู้ถูกกักขังแทนค่าปรับ โดยกำหนดสถานที่อื่นเพื่อการควบคุมตัวนอกเหนือจากการควบคุมตัวในเรือนจำ และต่อมา กสม. ได้มีหนังสือลงวันที่ 25 กุมภาพันธ์ 2565 กราบเรียนนายกรัฐมนตรีเพื่อเน้นย้ำให้กรมราชทัณฑ์กำหนดสถานที่ที่เหมาะสมกับผู้ต้องขังแต่ละประเภท เพื่อแก้ไขปัญหาความแออัดของเรือนจำอันเนื่องมาจากการไม่แยกประเภทผู้ต้องขัง
กสม. ยังได้ประชุมหารือกับรัฐมนตรีว่าการกระทรวงยุติธรรม เมื่อเดือนกุมภาพันธ์และเดือนมีนาคม 2566 ที่ผ่านมา เกี่ยวกับการปฏิบัติต่อผู้ต้องขัง สิทธิของผู้ต้องหาหรือจำเลยระหว่างการพิจารณาคดีตามหลักสันนิษฐานว่าบุคคลทุกคนเป็นผู้บริสุทธิ์ (Presumption of Innocence) ที่ได้รับการรับรองไว้ตามรัฐธรรมนูญแห่งราชอาณาจักรไทย พุทธศักราช 2560 มาตรา 29 วรรคสอง ปฏิญญาสากลว่าด้วยสิทธิมนุษยชน ข้อ 11 (1) และกติการะหว่างประเทศว่าด้วยสิทธิพลเมืองและสิทธิทางการเมือง (International Covenant on Civil and Political Rights: ICCPR) ข้อ 14 วรรคสอง การแยกคุมขังผู้ต้องขังระหว่างพิจารณาคดีกับผู้ต้องขังเด็ดขาด การแก้ไขกฎกระทรวงออกตามประมวลกฎหมายวิธีพิจารณาความอาญา มาตรา 89/1 การติดอุปกรณ์ติดตามตัวอิเล็กทรอนิกส์ (Electronic Monitoring) หรือกำไล EM และการกำหนดสถานที่คุมขังอื่นสำหรับผู้ต้องขังในคดีความแตกต่างทางความคิดหรือความเห็นต่าง ซึ่งยังไม่มีการพิพากษาว่าเป็นผู้กระทำความผิด
กสม. ขอเน้นย้ำกติกา ICCPR ข้อ 10 ที่กำหนดให้ผู้ต้องหาต้องได้รับการจำแนกออกจากผู้ต้องโทษ และต้องได้รับการปฏิบัติที่แตกต่างออกไปให้เหมาะสมกับสถานะที่ไม่ใช่ผู้ต้องโทษ นอกจากนี้รัฐธรรมนูญแห่งราชอาณาจักรไทย และกติกา ICCPR ยังกำหนดไว้ว่า บุคคลทั้งปวงย่อมเสมอกันในกฎหมาย และมีสิทธิที่จะได้รับความคุ้มครองเท่าเทียมกันตามกฎหมาย โดยปราศจากการเลือกปฏิบัติใด ๆ ดังนั้น สิทธิของผู้ต้องขังทุกคนต้องเสมอภาค เท่าเทียม และไม่ถูกเลือกปฏิบัติ ไม่ว่าจะมีสถานะใดๆ